Poiché esiste un chiaro schema di ereditarietà genetica nella LHON, per i soggetti che hanno un familiare nella linea genealogica materna con una mutazione che causa la LHON, si dovrebbe supporre che qualsiasi perdita della visione centrale improvvisa e indolore da essi accusata sia probabilmente causata dalla LHON. Tuttavia, essere portatori di una mutazione che causa la LHON non significa che si perderà la visione centrale e, di fatto, la maggior parte di essi non sviluppa questa neuropatia. Soltanto circa il 50% degli uomini portatori di una mutazione che causa la LHON perderà la vista nel corso della propria vita; per le donne, invece, la percentuale è pari a circa il 10%.
La mutazione più comune è la mutazione 11778, responsabile di circa il 60% di tutti i casi di LHON. La maggior parte dei restanti casi di LHON sono dovuti alle mutazioni 14484 o 3460, mentre circa il 5-10% dei casi è dato da una delle varie mutazioni molto rare.
I soggetti che non sanno di avere familiari affetti da LHON vengono presi alla sprovvista quando improvvisamente perdono la visione centrale. Poiché la LHON è così rara, i medici generalmente sospettano altre cause della perdita della vista improvvisa ed effettuano test e prescrivono trattamenti di conseguenza. È possibile che venga eseguita una risonanza magnetica per escludere la presenza di un tumore cerebrale. Poiché la perdita della vista inizia generalmente da un solo occhio, spesso viene formulata una diagnosi provvisoria di neurite ottica e si prescrive un trattamento con steroidi per 3-5 giorni. Tuttavia, quando la vista non migliora e si inizia a perderla anche dal secondo occhio, è possibile che vengano eseguiti ulteriori test, quali i potenziali visivi evocati (PEV) e una puntura lombare (detta anche rachicentesi), per escludere altre possibili cause della perdita della vista improvvisa e bilaterale.